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EVs 研究新手必讀:從樣品到結果的4個步驟

胞外囊泡 (Extracellular Vesicles, EVs) 因其具有作為生物標志 (biomarker) 和*工具 (therapeutic tools) 的巨大潛力而在生物學和醫學領域日益受到關注。 然而,EVs 的異質性 (heterogeneity) 和復雜性也為新手帶來許多挑戰。

為什么先看這一篇?

 

  1. 參考 MISEV2023 指引所撰寫,提供新手清晰、實用的指引。
  2. 這篇是「流程導航」,幫助你了解 EV 研究流程的基礎流程。
  3. 深入技術細節及詳情,請見專文:

    從探索到驗證:為何需要“外泌體標準品”?
    如何使用切向流過濾純化外泌體?

什么是胞外囊泡? 外泌體?

 

胞外囊泡 (Extracellular Vesicles, EVs) 是指從細胞釋放、由脂雙層膜包裹 (delimited by a lipid bilayer) 且無自我復制能力 (replicate) 的顆粒。 在早期研究中,將 EVs 依其生物起源 (biogenesis) 和尺寸 (size) 主要分為3大類:


外泌體

(Exosomes)

微囊泡

(Microvesicles)

凋亡小體

(Apoptotic bodies)


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尺寸

40 ~ 120 nm

100 ~ 1000 nm

1000 ~ 5000 nm

生物起源

多囊體(MVB),透過內吞途徑

細胞膜,透過向外出芽

細胞膜,細胞凋亡過程

標志& 組成

Tetraspanin (CD9, CD63, CD81), Alix, Tsg101, flotillin-1

Selectins, Integrins

DNA, histones, cell organelles, Nuclear fractions, Annexin V.


然而,國際胞外囊泡學會(ISEV)在MISEV2018及MISEV2023建議:若無明確的生物起源證據,優先采用作性命名,可依囊泡的物理特征、表面標志、細胞狀況或形態進行命名,如 sEV (小EVs)、lEV (大EVs) 及 CD63+ EV 等通用術語。

 

外泌體 (exosomes) 指源于胞內體系統 (endosomal system) 且經多囊體 (MVB) 釋放的 EVs; 惟在實務上難以直接證明起源,故在缺乏證據時不建議泛用此術語。 其常見報導尺寸約介于 40 ~ 120 nm間,常見標志為四跨膜蛋白 (tetraspanins),如 CD9、CD63、CD81 等。 外泌體可攜帶其親代細胞 (parent cell) 的核酸 (DNA、RNA)、脂質和蛋白質等分子訊息,并傳遞至受體細胞 (recipient cell) 調控其功能,影響多種生理功能及疾病進程,具強大的*潛力,故成為近年研究熱點。

 


 

EVs 研究流程

 

EVs 研究涉及多個關鍵步驟,包含樣品準備到*后的分析和儲存各步驟都會影響EVs的品質。

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1. 樣品搜集及前處理 (Collection and Pre-Processing)

 

目的:獲取含有 EVs 的原始生物材料,并盡早移除細胞及特定污染物。

 

材料:EVs 可從生物源獲取,如細胞培養液 (cell culture-conditioned medium)、細菌 (bacteria)、血液 (blood)、尿液 (urine) 、牛奶 (milk) 等。

 

通用建議:
請報告樣品來源、數量(如體積、重量)及采集的方法及儲存的所有細節。
? 從原始材料中盡早移除細胞,否則細胞破損可能形成類天然 EVs 的顆粒; 細胞死亡及活化也可能會改變 EVs 的組成和功能。
? 建議在樣本儲存之前先完成必要的前處理,以去除可能的干擾物質,如細胞。
? 樣品儲存可能對 EVs 產生影響,請避免反復凍融循環 (freeze‐thaw cycles)。
? 報告 EVs 分離前后的所有儲存條件,含防腐劑 (preservatives) 或冷凍劑 (cryoprotectants)、溫度、時間、冷凍程序、儲存容器、凍融循環次數和解凍方法。
* 本文僅列通用建議,針對各類樣品之個別建議,請查閱 MISEV2023

 

 

2. 純化與濃縮 (EV Separation and Concentration)

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目的:從原始生物材料中分離 EVs、提高 EVs 濃度,同時盡可能減少非 EVs 成分 (如游離蛋白、脂蛋白、細胞碎片等) 的干擾。

 

純化方法:每種方法的回收率 (recovery) 及特異性 (specificity) 皆有所不同,應依據樣品的特性選擇不同的分離 (isolation) 或富集 (enrichment)方法,如差速離心法 (dUC)、密度梯度離心法 (DG, dgUC)、 超過濾法 (UF)、粒徑篩析層析法 (SEC)、沈淀法 ( precipitation) 等。

 

通用建議:
依據 EVs 的來源特性、研究目的以及所需的 EVs 產率和特異性來決定分離方法。
? 需要更高純度的 EVs 時,可考慮串聯兩種以上不同原理的純化方法
? 大體積材料來源可能需要先濃縮再分離會更有效率,如 CCM、尿液、牛奶。
? 針對市售商業套組,應優先選擇公開分離原理及成分細節的套組。
? 所有 EV 分離方法皆建議提供純度與回收率佐證。
? 提供足夠的方法細節以利重現每個分離和濃縮步驟。
? 評估或建議新分離/濃縮方法時,請在每個步驟前/后對 EVs 進行測試,以估算其富集倍數 (fold enrichment) 及產量 (yield)。

 

延伸閱讀:如何使用切向流過濾純化外泌體?

 

 

3. 定量與表征 (EV Characterization)

 

目的:確認分離的顆粒是否為 EVs,可對其大小、濃度、形態和生物標志物進行分析,是驗證分離可靠性的關鍵步驟。

 

定量及表征方法:EVs 表征方法包含顆粒濃度、蛋白質含量、脂質含量、總 RNA 含量、EVs 形態、蛋白質組成等。

 

通用建議:
? EVs 表征應至少包含三個層面的信息:
(1) 特理與定量特性 (如顆粒濃度、粒徑分布),用以描述樣品的整體性質;
(2) EVs 標志物 (如跨膜蛋白、GPI 錨定蛋白、胞質或細胞膜來源蛋白),以確認樣品為 EVs;
(3) 非 EV 共分離成份 (non-EV proteins),用以評估樣品純度并區分非 EV 來源的污染物。
? 沒有單一的測量方法能夠滿足所有表征要求,建議使用檢測極限不同的正交法 (orthogonal methods) 進行測量。
? 報告所有分析方法的細節,包括儀器、參數和數據分析過程,以確保實驗的可重復性和透明度。
? 建議以生物源定義 EVs 的產量,如細胞的數量、生物體液體積、組織重量等。
? 應進行 EVs 的定量計算,如顆粒數量、蛋白質 (protein) 和/或脂質 (lipid) 含量。
? 應對 EVs 的通用成份或特定成份進行測試,尤其有特異性要求時,如 EVs 亞型 (EV subtypes)。
? 應根據希望達到的特異性對EV制劑進行測試,以確定是否存在與EV亞型或EV相關的成分。
? 需確定非囊泡 (non-vesicular)、共分離 (co-isolated) 成分的存在程度。
? 使用定量指標來表征 EVs 時,提供儀器及方法檢測極限 (LOD)。
?鼓勵使用標準品、陰性對照與多重檢測平臺交叉驗證

 

延伸閱讀:從探索到驗證:為何需要“外泌體標準品”?

 

 

4. 存儲 (Storage)

 

目的:維持已分離 EVs 的完整性、功能和穩定性,以供后續實驗使用。 不當的儲存會影響 EVs 的特性 (characteristics),包括穩定性 (stability)、顆粒數量、聚集 (aggregation) 和功能 (function)。

 

通用建議:
報告 EVs 分離前后的所有儲存條件,含防腐劑 (preservatives) 或冷凍劑 (cryoprotectants)、溫度、時間、冷凍程序、儲存容器、凍融循環次數和解凍方法。
? 避免反復凍融循環 (freeze-thaw cycles),建議可分裝 (aliquoting) 使用。
? 建議快速冷凍及解凍樣品,以利*限度地保留 EVs 的形態和功能。


 

新手地雷區 

 

EVs 的復雜性常常讓新手陷入一些常見的陷阱

 

  • 命名混淆

    :不加區分的使用外泌體 (exosomes) 一詞。 除能證明其生物起源,否則應使用「胞外囊泡」(EVs) 以避免誤導性結論。
  • 樣品污染:細胞培養的血清或補充劑常含有大量外源性 EVs 及其它因子。 進行 EVs 相關實驗時,務必去除內含 EVs 或直接使用無血清培養液,減少 EV 污染的可能性。

  • 細胞干擾:搜集樣品后未能及時且徹底地移除細胞,死細胞或受損細胞則可能形成類天然 EVs 的顆粒、釋出胞內成份、改變 EVs 組成及功能,造成結果失真。

  • 分離方法選擇不當:不同的分離方法有不同的回收率和純度及其優缺點。 應根據樣品類型、實驗目的及后續應用,選擇能夠提供足夠純度和回收率的純化方法。

  • 表征不足:未充份表征或未檢測常見污染物 (如脂蛋白lipoprotein),不足以確認檢測物為 EVs 或導致實驗結論不可靠。 建議采用多種方法進行全面的表征。

  • 儲存不當:反復凍融、溫度或儲存容器都可能導致 EVs 的完整性、濃度和功能受損。 務必嚴格遵循標準儲存流程并詳實記錄。


 

參考文獻

 

  • Minimal information for studies of extracellular vesicles (MISEV2023): From basic to advanced approaches
  • Minimal information for studies of extracellular vesicles 2018 (MISEV2018): a position statement of the International Society for Extracellular Vesicles and update of the MISEV2014 guidelines
  • Biological Functions Driven by mRNAs Carried by Extracellular Vesicles in Cancer
  • Standardization of sample collection, isolation and analysis methods in extracellular vesicle research

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標簽:洛科儀器
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